Cuando Moratalla se convierte en Villa (1245), el Castillo se erige en seña de identidad, figurando en su escudo y pendón. A primera vista, lo más atrayente es su imponente Torre del Homenaje levantada en el siglo XV, de estilo gótico militar levantino; tiene 22 metros de altura desde el patio y 9 de lado, rematando en almenas de punta piramidal y terraza, dominando la población, la huerta, la montaña y, en definitiva, los accesos a la Villa por los cuatro puntos cardinales.
En su origen, probablemente el lugar fuese asentamiento de un poblado neolítico sobre el cual construyesen los iberos la base y muros que luego sirvieran a los musulmanes para edificar la fortaleza. Sobre la obra musulmana, de tapial en diversos lienzos, la Orden de Santiago restaura el Castillo -argamasa y mampostería- que utilizaría como sede de la Encomienda a partir de 1246. Para reforzar la construcción de la impresionante Torre del Homenaje, se colocan sillares en los ángulos cuya parte superior coronan los matacanes a la altura de la terraza, completando el aspecto exterior; resaltan también dos ventanas ajimezadas de arcos ojivales situadas en el piso superior y orientadas en dirección Este-Oeste, respectivamente, con parteluz central.
Ya en el interior, en la Sala de Armas, se aprecia la bóveda de crucería formada por arcos diagonales y en los muros Norte, Sur y Oeste, las aspilleras o saeteras. Bajo esta sala se encuentra el aljibe con pilar cruciforme que sostiene el techo de cuatro bóvedas de arista. Y próximo al ángulo Noreste, la escalera de caracol, con puerta de medio punto y dovelada -igual que la principal- construida en el muro y que da acceso a la segunda planta o Sala del Homenaje, en cuya salida presenta el dovelaje bicolor.
Las ventanas ajimezadas iluminan esta segunda sala cuya cubierta presenta tres tramos de bóvedas semicilíndricas apoyadas en ménsulas, igual que en la planta baja. Junto a la ventana de la parte Este, se inicia la escalera mural para subir a la parte superior, a la cual se accedía mediante una pasarela o plataforma móvil de madera, lo que permitía, en caso de peligro, retirarla y dejar dicha parte aislada del resto de la fortaleza, constituyendo un último y desesperado reducto defensivo. La terraza consta de diez almenas en cada lienzo, rematadas en estructuras piramidales de cal y canto.
El recinto se completaba con cinco torres más, en una de las cuales se encontraba la capilla dedicada a la Magdalena construida en 1590 que, al parecer, mediante un pasillo o corredor, se comunicaba con la segunda planta de la Torre del Homenaje. Las otras cuatro torres son: la Redonda, reconstruida por la Orden sobre un torreón musulmán; la Blanca, con estructuras de sillares en las esquinas; la llamada de los Limones o Quebrada y la de los Cuatro Vientos, con dos pisos y terraza. Alrededor del patio, se disponían las edificaciones necesarias para el servicio, sobre una galería porticada sustentada por cinco columnas. El acceso al recinto, desde el exterior, presenta una portada de medio punto con dovelas de estilo gótico levantino.
El último proyecto de reparación del Castillo-Fortaleza pudo producirse a mediados del siglo XVIII, siendo Comendador General de la Orden de Santiago el Serenísimo señor Infante Cardenal de España don Luis Antonio Jaime Borbón, hijo de Felipe V. El cuaderno de la visita realizada a Moratalla en 1747, indica una serie de obras a realizar que demuestran el estado de deterioro y dejadez en que se encontraba el Castillo. Sin embargo, habiendo decrecido el valor estratégico de la fortaleza, los cambios socio-políticos que se producen y el alto costo de las reparaciones, nos inclina a pensar que no llegaron a realizarse en su totalidad, limitándose, tal vez, a la propia residencia.
Cuando la desamortización, tras la muerte del último comendador el Infante Francisco de Paula en 1865, la fortaleza pasó a manos particulares. El dueño construyó, a mano derecha de la entrada, tres balsas pertenecientes a los lagares instalados para crianza de vino. Transcurriendo el tiempo, el Castillo fue quedando en el olvido, comenzando a desmoronarse las edificaciones anexas y poniendo en peligro la estructura de la propia Torre del Homenaje. Los herederos descendientes del primitivo dueño, incluso comenzaron a vender piedra procedente de las partes derruidas. Ante esta situación, el Ayuntamiento, tras la Guerra Civil y siendo alcalde don Jesús Martínez Pastor, lo adquirió en 8500 pesetas, procediendo a impermeabilizar la deteriorada terraza para evitar la filtración de aguas de lluvia, deteniéndose momentáneamente el avanzado estado de ruina.
Obras más recientes (2005) han consolidado los muros empleando materiales y técnicas de la época; también se han realizado excavaciones en el patio que han permitido descubrir algo que no sabíamos: la existencia en el subsuelo de diversas dependencias destinadas a despensa y almacenamiento de alimentos, fundamentalmente.
